Filho de Jeffrey Craig LaBeouf, um veterano do
Vietnã que pulou de emprego para emprego, trabalhando como
comediante de
circo, vendedor, palhaço de rodeio e comediante
stand-up, além de excursionar com o
Doobie Brothers e Shayna Saide, uma dançarina e
bailarina judia que virou artista visual e designer de jóias. Shia cresceu como filho único e foi criado na religião judaica fazendo um
bar mitzvah. Seu nome é xiita hebraico e significa "dom de Deus" e o sobrenome "LaBeouf" é uma adaptação de "Le boeuf", termo francês para "o boi" ou "a carne". LaBeouf vem de uma família de cinco gerações de intérpretes. Uma de suas tatará-vós tocou piano no casino gângster
Lucky Luciano. Seu avô materno, é um polaco sobrevivente do
Holocausto que compartilhou seu primeiro nome, e foi um comediante que trabalhava na
Borscht Belt of the Catskill Mountains e foi marginalizado como um barbeiro para a Máfia. O avô paterno de LaBeouf, um militar alcoólatra foi um
Green Beret e sua avó paterna, foi uma Beatnik e poeta lésbica, que se envolveu com
Allen Ginsberg.
LaBeouf descreveu seus pais como sendo
hippies, e sua educação como semelhante a um
"estilo hippy de vida", afirmando que seus pais eram pessoas muito estranhas, mas ele sempre os amou muito. LaBeouf cresceu vendo seu pai usar maconha, e os dois fumaram a erva juntos quando LaBeouf tinha dez anos. Seu pai foi viciado em heroína e foi para a reabilitação algumas vezes. Seus pais se divorciaram, mas ele teve o que descreve como uma
"boa infância", Shia cresceu pobre, com sua mãe (que trabalhava vendendo tecidos e broches) em
Echo Park,
Los Angeles,
Califórnia. Seu tio quis adotá-lo durante uma etapa de sua vida, pois seus pais não podiam criá-lo.
LaBeouf frequentou uma predominantemente latina e africana escola americana. Teatralmente, LaBeouf frequentou a
Visual and Performing Arts Magnet School em
Los Angeles e a
Alexander Hamilton High School, embora ele tenha recebido a maior parte da sua educação de tutores particulares. Após o ensino médio, LaBeouf foi aceito na
Yale University, mas desistiu pois queria obter um tipo de educação que não se recebia na escola, embora ele gostasse de frequentar a faculdade.
LaBeouf comprou sua casa própria aos dezoito anos de idade, ele vive em
Burbank,
Califórnia, e se mantém próximo a seus pais, sua mãe vive agora perto de
Tujunga,
Los Angeles,
Califórnia, e seu pai, em
Montana. LaBeouf é fumante, mas declarou recentemente que vai parar de fumar. LaBeouf dirige um
Nissan Maxima, e tem dois bulldogs chamados Brando e Rex. LaBeouf é muito amigo da co-estrela de
Santos e Demônios,
Channing Tatum e
Adam Scarimbolo. LaBeouf usa lentes de contato e se diz um grande fã de esportes. Gosta da banda indie
The Shins e
Cky. Também é fã de séries televisivas e entre seus filmes favoritos estão
Beleza Americana,
Os Debilóides e
Mulher Infernal. LaBeouf considera o filme
O Melhor Jogo da História sua transição de ator criança para ator adulto.